Pia Praetorius wurde in Nordhausen/Harz geboren. Sie studierte Kirchenmusik an der Hochschule für Kirchenmusik in Halle/Saale und arbeitete als Kantorin in Berlin und Sonthofen. Seit 1999 ist sie Kantorin an St. Egidien in Nürnberg.
Schwerpunkt ihrer musikalischen Arbeit ist die Alte Musik und die Moderne. Die bisher realisierten Programmideen reichen von lateinamerikanischer Renaissancemusik über Ausgrabung und Aufführungen einer wertvollen, bisher unedierten Nürnberger Chorbuchsammlung aus dem 16. Jahrhundert bis zu multimedial inszenierten Aufführungen sowie Tanz- und Opernproduktionen. Im Rahmen des Amerika-Festivals in Nürnberg leitete sie die Uraufführung der 12. Symphonie von Gloria Coates, die ebenso wie das Hindemith-Requiem vom Bayerischen Rundfunk mitgeschnitten wurde.

In den letzten Jahren gab es eine zunehmende Anzahl an Konzerten, die sie gemeinsam mit Bildenden Künstler konzipierte. Sie arbeitete mit den Videokünstlern Christoph Brech, Ivonne Mohr und Steffen Ruyl Cramer, Ulli Sigg, Stephan Windischmann, der Regisseurin Claudia Doderer, den Licht- und Bühnenkünstlern Fred Pommerehn und Lutz Deppe sowie dem katalanischen Choreographen Cayetano Soto zusammen.  
Sie gründete schola cantorum nürnberg - eine Ensemble, das sich auf Aufführungen des 15. und 16. Jahrhunderts spezialisiert hat - sowie den Kammerchor St. Egidien und arbeitet gern und regelmäßig mit  L'arpa festante und Les cornets noir zusammen.

„Das Mittelmaß ist der Feind des Außergewöhnlichen und Mittelmaß ist Pia Praetorius nun wirklich zuwider. Sie versteht Musik als Konzeptkunst, die ihre Schwesterkünste am besten miteinbezieht.“ so beschrieb ein Kritiker der Nürnberger Nachrichten den Arbeitsstil der Dirigentin. Abseits des üblichen Konzertbetriebes ist sie immer wieder auf der Suche nach ungewöhnlichen Begegnungen zwischen Kunst und Musik.